С 20 ноября 1918 по 14 мая 1926 года священствовал в двух сельских приходах Арзамасского уезда. В 1922 году священник Николай овдовел, а 24 мая 1926 года пострижен в монашество.
25 мая 1926 года хиротонисан в епископа Челябинского и Миасского. 6 июня 1927 года был арестован и постановлением Особого совещания ОГПУ выслан из г. Челябинска в город Ирбит сроком на 3 года. С 6 июня 1930 года проживал на поселении в г. Шадринске.С 10 октября 1933 года - епископ Томский. 9 июля 1934 года по предложению блаженного митрополита Московского и Коломенского Сергия (Страгородского) за усердное и многолетнее служение Церкви Божией Преосвященный епископ Томский Сергий возведен в сан архиепископа (ЖМП №22, 1934).
8 мая 1935 года назначен архиепископом Новосибирским. Управлял Новосибирской епархией в трудные годы гонений на Церковь, помогал священнослужителям, вернувшимся из заключения и ссылки, устраивая их на приходы.Последнее богослужение архиепископ Сергий провел в Вознесенском храме в 1937 году. Накануне, в Великую Пятницу, скончался находившийся на покое в Новосибирске митрополит Никифор. Архиепископ Новосибирский Сергий совершил Пасхальное богослужение, в Светлый понедельник 3 мая состоялись похороны Владыки Никифора, собравшие большое количество духовенства и верующих. А в ночь с 4 на 5 мая, то есть со вторника на среду, архиепископ Сергий, несколько священников и мирян были арестованы.
Архиепископ Сергий был обвинен в руководстве церковно-монархическим контрреволюционным центром, организации диверсий и повстанческих групп, контрреволюционной агитации.Осужден 25 июня 1937 года Тройкой УНКВД по Запсибкраю и 29 июля расстрелян в Новосибирске. Вместе с архипастырем были арестованы и расстреляны: архимандрит Сергий (Скрипальщиков) - настоятель Никольского храма с. Новолуговое Новосибирского района, Щукин Тихон Акимович - счетовод Вознесенской церкви г. Новосибирска, другие священники и миряне.
Архиепископ Сергий реабилитирован Определением Военного трибунала Сибирского военного округа от 7 февраля 1958 года. Архиепископ Сергий управлял Новосибирской епархией с 1935 по 1937 год.